Muzeum współpracuje z wieloma instytucjami naukowymi i kulturalnymi w kraju i zagranicą
. Obecnie muzeum jest placówką wielodziałową i posiada zbiory z dziedziny archeologii, etnografii, historii, sztuki i rzemiosła, przyrody. W zbiorach bibliotecznych znajduje się ponad 36 000 woluminów książek i czasopism. Muzeum organizauje wystawy i lekcje muzealne.
W ramach struktury organizacyjnej MNZP w Przemyślu funkcjonują oddziały: Muzeum Ludwisarstwa i Fajek oraz Oddział Historii Miasta Przemyśla.
W Muzeum mieści się również biblioteka.