Obecnie w magazynach i na wystawach znajduje się ponad 500 tys. zabytków o walorach ekspozycyjnych. Liczącą się grupę stanowią zabytki ofiarowane do przez odkrywców, kolekcjonerów i zbieraczy. Jednak podstawą zbiorów są materiały pozyskane drogą badań archeologicznych. Pochodzą one z terenów wschodnich dawnej Rzeczypospolitej (Ukraina, Litwa, Białoruś) oraz przede wszystkim z terenu Małopolski, która stanowi główny obszar zainteresowań muzeum.
Siedzibą krakowskiego Muzeum Archeologicznego jest zabytkowy zespół gmachów św. Michała. Placówka posiada też oddział w Nowej Hucie ((012 644-09-40)
Muzeum prowadzi działalność oświatową poprzez popularyzację wiedzy archeologicznej za pośrednictwem wystaw stałych i czasowych oraz odczyty, pogadanki, prelekcje i lekcje dla szkół.