Muzeum zajmuje kompleks budynków usytuowany nad Motława, pomiędzy ulicami: Mariacka, Dziana, Mydlarska i Długie Pobrzeże – czyli w sercu Starówki. W związku z tym do Muzeum trzeba dojść ( nie można dojechać ). Wejście znajduje się przy ulicy Mariackiej.
ODDZIAŁY MUZEUM:
DOM PRZYRODNIKÓW – ul. Mariacka 25/26
BŁĘKITNY BARANEK – Centrum Edukacji Archeologicznej „Błękitny Lew” ul Chmielna 53 Gdańsk
PIWNICA ROMAŃSKA – Plac Dominikański (plac znajdujący się zaraz obok Hali Targowej)
GRODZISKO W SOPOCIE – ul. Haffnera 63, Sopot
MUZEUM W GNIEWIE – Plac Zamkowy 2
