Wyjątkową atrakcją Nocy Muzeów będzie pokaz tryptyku Ecce Homo Maertena van Heemskercka, jednego z najcenniejszych dzieł północnego renesansu w zbiorach Muzeum Narodowego w Warszawie, wraz z wystawą dokumentującą wyniki przeprowadzonych prac konserwatorsko-badawczych przeprowadzonych
w J. Paul Getty Museum w Los Angeles.
Tradycyjnie Noc Muzeów w MNW zainauguruje „Wieczorynka w muzeum", czyli zajęcia dla dzieci. Obowiązują na nie zapisy.
Dla osób czekających na wejście do muzeum przygotowane zostały zajęcia plastyczne, podczas których wykonywane będą kwiaty. Z roślinami związane będą także działania na Dziedzińcu im. Stanisława Lorentza – tam odbywać się będzie sianie nasion kwiatów znanych z dzieł sztuki. Ponadto w plenerze planowane są pokazy filmowe.
Dla tych, którzy nie zdążyli obejrzeć wystawy Cztery razy „ŚWIAT". Konstanty Jarochowski, Jan Kosidowski, Wiesław Prażuch, Władysław Sławny – fotoreporterzy tygodnika ilustrowanego „ŚWIAT" (1951-1969) – ostatnia szansa na spotkanie z polskim fotoreportażem humanistycznym. Ekspozycja została przedłużona do niedzieli 19 maja.
Noc Muzeów jest okazją, aby zaprezentować gościom galerie stałe. Przybliżyć dzieła w nich zgromadzone. Poświęcone temu są „Rozmowy o sztuce", czyli krótkie spotkania w galeriach stałych skupione wokół wybranych tematów z dziejów sztuki. Każde spotkanie trwać będzie około 30 minut.
W 2012 roku podczas inauguracji obchodów Roku Jubileuszowego 150-lecia Muzeum Narodowego w Warszawie w Noc Muzeów zwiedzający mogli oglądać nowe galerie stałe: Galerię Dawnego Malarstwa Europejskiego, Galerię Portretu Staropolskiego i Europejskiego, Galerię Sztuki XIX Wieku. W tym roku tego grona dołączyła Galeria Sztuki XX i XXI Wieku – długo wyczekiwana prezentacja polskiej sztuki ostatnich stu lat.
Podczas Nocy Muzeów drzwi łączące MNW z Muzeum Wojska Polskiego będą otwarte, zwiedzający mogą z jednego muzeum swobodnie przechodzić do drugiego.
Księgarnia Serenissima organizuje kiermasz wydawnictw, a Café Lorentz i restauracja Aleje 3 przygotowały specjalne menu.
Podczas Nocy Muzeów będą przeprowadzane badania opinii społecznej na temat Muzeum Narodowego w Warszawie. Wśród badanych rozlosowanych zostanie 100 rocznych biletów wstępu do Muzeum.
W Nocy Muzeów 2013 udział biorą również oddziały MNW: Królikarnia, Muzeum Plakatu, Muzeum w Nieborowie i Arkadii, Muzeum Wnętrz w Otwocku Wielkim.
Partnerem Nocy Muzeów w MNW jest PKO Bank Polski, który uruchomił system płatności mobilnych IKO. Osoby posiadające aktywną aplikację IKO podczas Nocy Muzeów 2013 mogą wejść do Muzeum osobnym wejściem.