Słynna była zwłaszcza galeria licząca ponad 400 obrazów, a także pokaźne, zawierające ponad 10 000 tomów, zbiory biblioteczne.
Bogactwo wyposażenia pokoi pałacowych w Waplewie, kreowane przez kilka pokoleń Sierakowskich z czasem przerodziło się w świadomie tworzoną kolekcję artystyczną, która stała się prawdopodobnie najcenniejszym zbiorem należącym do polskich ziemian na Pomorzu Nadwiślańskim w XIX w. Zbiór malarstwa i zabytkowych obiektów artystycznych zawierał w przededniu II wojny światowej około 450 dzieł sztuki z zakresu malarstwa, grafiki i rzeźby. Były to obrazy różnych szkół malarstwa, z przewagą północnych: niemieckiej, holenderskiej i flamandzkiej. Sporą grupę stanowiły także dzieła artystów włoskich i francuskich, zaś przykłady sztuki hiszpańskiej, angielskiej i rosyjskiej były sporadyczne. Malarstwo polskie reprezentowały przede wszystkim portrety przodków. W pałacu zgromadzone były także cenne przedmioty rzemiosła artystycznego: meble (głównie gdańskie i holenderskie), wyroby z porcelany i brązu, kości słoniowej, miniatury, dawne stroje, wykopaliska i militaria.
W 1879 r. sporządzony został na zamówienie Sierakowskich katalog zbiorów, co było ewenementem na ziemiach polskich. Sierakowscy gromadząc kolekcję w swojej siedzibie, pełniącej rolę polskiego ośrodka kultury pod zaborem pruskim, stworzyli namiastkę muzeum jako przeciwwagę dla instytucji niemieckich. Niestety podczas II wojny światowej kolekcja w większości została przejęta przez Niemców i w dużej mierze zaginęła lub została zniszczona. Ocalałe po wojnie obiekty rozproszyły się wskutek kradzieży oraz przekazania różnym państwowym instytucjom. Część zabytków trafiło do Muzeum Narodowego w Gdańsku (m.in.: „Portret patrycjuszki gdańskiej” Andrzeja Stecha, „Raj” Adriaena Stalbemta, „Ecce Homo”Monogramisty Brunszwickiego, „Chłopiec z podwiązaną twarzą” Daniela Chodowieckiego, „Portret Stanisława Sołtana” Jana Chrzciciela Lampiego) część udało się zidentyfikować w kilku polskich muzeach m.in.: Muzeum Narodowym w Warszawie (m.in.: „Chrzest Chrystusa” Martena van Heemskercka), Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie, Muzeum w Kwidzynie ( m.in.: „Ucieczka do Egiptu” płaskorzeźba alabastrowa Nieznanego Artysty o inicjałach H.B., 1682 r.) czy Muzeum Okręgowym w Toruniu (7 steli wotywnych, rzeźbionych w piaskowcu, Indie XI-XIII w.).
Powierzchnia waplewskiego oddziału Muzeum Narodowego liczy obecnie 20 hektarów, tworząc jeden z największych obszarów muzealnych na terenie Pomorza.
Dobiegły końca prace rewaloryzacyjne pałacu w Waplewie Wielkim, w zakres których wchodziło odnowienie ścian zewnętrznych całego budynku, jak i wnętrza.
Przywrócono pierwotny wygląd elewacji korpusu pałacowego, przybudówki w stylu neohistorycznym i oranżerii. We wnętrzu poddano konserwacji część istniejących posadzek, drzwi, okien oraz fragmentów zachowanej boazerii. Wiele z nich trzeba było odtworzyć, opierając się na materiałach źródłowych oraz informacjach zebranych podczas kwerendy w podobnych siedzibach ziemiańskich.
Zrekonstruowano posadzki z wapienia olandzkiego, boazerie znane jedynie z archiwalnych fotografii, przywrócono figurę Minerwy stojącą przed wejściem do wnętrz pałacowych oraz odtworzono witraże w sieni według starych technik. Jednym z działań konserwatorskich była rekonstrukcja drzwi w Sali Gdańskiej i jadalni, które niegdyś wykonane były z frontów starych, zabytkowych szaf gdańskich.
Dzięki pozyskaniu wcześniej nieznanych fotografii archiwalnych odtworzono w Sali Gdańskiej nadświetle flankowane dekoracyjnymi pilastrami. W niektórych wnętrzach wprowadzono obicia z tkaniny i tapety utrzymane w stylistyce z przełomu XIX i XX wieku. W części oranżeryjnej powstała sala wielofunkcyjna służąca organizacji konferencji, imprez kulturalnych oraz koncertów, od kilku bowiem lat tradycją tego miejsca stały się Pomorskie Dni Chopinowskie, organizowane dla upamiętnienia pobytu kompozytora właśnie tu, w Waplewie Wielkim.
Do końca 2015 roku zostanie poddany konserwacji zabytkowy kominek z XVII wieku wykonany w warsztacie van den Blocków, z kolei kominek marmurowy w Sali Białej ma być odtworzony. Będą także podjęte prace zabezpieczające dekoracyjny strop w Sali Gdańskiej. W ramach prowadzenia działań w latach 2012–2015 w pałacu waplewskim wymieniono w 100% instalacje infrastruktury: centralne ogrzewanie, instalację elektryczną, oświetleniową, oświetlenie ewakuacyjne, instalację wodno-kanalizacyjną oraz wprowadzono instalacje niskoprądowe, informatyczne, komputerowe, internetowe, instalacje nagłośnienia, telefoniczne oraz rozbudowano system zabezpieczenia przeciwpożarowego. Stworzono od podstaw nowoczesny system dozoru i zabezpieczenia muzeum wraz z serwerownią i systemem monitorowania.
Wieloletnią realizację budowlano-konserwatorską poprzedziło w latach 2009–2011 wykonanie badawczych prac historycznych, archeologicznych, konstrukcyjnych i konserwatorskich. Przy tym przedsięwzięciu kierowano się opracowaną w 2010 roku koncepcją aranżacji muzealnej oraz wielobranżowymi projektami budowlanymi i wykonawczymi opracowanymi na podstawie wyników badań i stworzonego przez muzealników, architektów i konserwatorów programu funkcjonalno-użytkowego.