Ostatnie miesiące przyniosły dużo zmian i ważnych wydarzeń dla Muzeum Sztuki Nowoczesnej w Warszawie i dla jego publiczności. Do 1 maja można było oglądać trzy ostatnie wystawy w Emilii, a 14 maja o północy – w samym środku Nocy Muzeów – Muzeum ostatecznie opuściło pawilon i zwróciło go właścicielowi. Pomiędzy zamknięciem wystaw a Nocą Muzeów odbyło się w Emilii szereg wydarzeń – konferencja naukowa o powojennej architekturze polskiej, performansy, koncerty i oprowadzania.
Muzeum nadal działać będzie bez zmian w siedzibie przy ulicy Pańskiej, tu zostają biura, w sali na parterze odbywać się będą wystawy, czynna będzie jak zwykle księgarnia Bookoff i kawiarnia Emesen. W sezonie jesiennym Muzeum zaprosi widzów, jak co roku, na festiwal „Warszawa w Budowie” – w tym roku festiwal, organizowany wspólnie z Muzeum Warszawy, zagości w salach Muzeum Techniki w Pałacu Kultury i Nauki. Oprócz festiwalu, Muzeum przygotowuje na jesień cykl poświęcony współczesnemu performansowi – spotkania odbywać się będą przy Pańskiej 3.
Jesienią czeka też Muzeum – i teatr TR Warszawa – historyczna chwila. Rozpoczną się pierwsze prace na placu budowy przyszłych siedzib obu instytucji na działce na placu Defilad. Wcześniej, latem, spodziewane jest uzyskanie pozwolenia na budowę zaprojektowanych przez amerykańskiego architekta Thomasa Phifera. W tym roku zaczną się prace ziemne i przekładanie podziemnej infrastruktury technicznej, zaś roboty budowlane ruszą wiosną 2017 roku i potrwają 36 miesięcy.
Przez te nadchodzące trzy lata Muzeum organizować będzie wystawy w specjalnym pawilonie ekspozycyjnym, który stanie nad Wisłą, na skwerze im. Stanisława Skibniewskiego „Cubryny”, po północnej stronie Centrum Nauki Kopernik, na wprost Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego. Budowa pawilonu rozpocznie się pod koniec 2016 roku, a otwarcie pierwszej wystawy zaplanowane jest na początek marca 2017 roku.
Pawilon to unikalna modułowa konstrukcja drewniana, zaprojektowana przez wybitnego austriackiego architekta Adolfa Krischanitza. Składany budynek ekspozycyjny został zaprojektowany jako tymczasowa galeria sztuki Temporäre Kunsthalle w Berlinie. Wzniesiono go na miejscu rozebranego enerdowskiego Pałacu Republiki w samym centrum niemieckiej stolicy i funkcjonował jako miejsce prezentacji sztuki w latach 2008-2010. Pawilon o powierzchni 1000 metrów kwadratowych i wysokości 10 metrów mieści salę ekspozycyjną o powierzchni 600 metrów kwadratowych, niewielką kawiarnię i księgarnię – został on tak zaprojektowany przez architekta, by jego zewnętrzna powłoka była wykorzystywana przez artystów jak płótno. W Berlinie pawilon pokryty był przez większość czasu biało-niebieską abstrakcyjną kompozycją geometryczną autorstwa austriackiego artysty Gerwalda Rockenschauba, ale był też przemalowywany przez innych, m.in. przez niemieckiego artystę i kompozytora muzyki współczesnej Carstena Nicolaia. Także w Warszawie powłokę budynku zaprojektują zaproszeni przez Muzeum artyści.
Pawilon został użyczony Muzeum bezpłatnie przez jego właściciela, wiedeńską fundację Thyssen-Bornemisza Art Contemporary, założoną w 2002 roku przez Francescę von Habsburg. Fundacja zajmuje się upowszechnianiem eksperymentalnej sztuki i architektury. Ambicją Muzeum jest, by pawilon nad Wisłą powtórzył sukces pawilonu Emilia i stał się popularnym miejscem spotkań warszawiaków i gości stolicy, i na okres trzech lat wzbogacił sąsiedztwo Centrum Nauki Kopernik, Biblioteki Uniwersyteckiej i rewitalizowanych bulwarów o ciekawy program wystaw i wydarzeń towarzyszących.