Główna siedziba Muzeum Okręgowego w Toruniu mieści się w Ratuszu Staromiejskim. Oprócz tego zbiory wystawiane są w 5 oddziałach Muzeum Okręgowego zlokalizowanych na toruńskiej starówce:
– Dom Mikołaja Kopernika (ul. Kopernika 15/17)
– Muzeum Historii Torunia w Domu Eskenów (ul. Łazienna 16)
– Kamienica Pod Gwiazdą (Rynek Staromiejski 35)
– Muzeum Podróżników im. Tony`ego Halika (ul. Franciszkańska 9/11)
– Muzeum Toruńskiego Piernika (ul. Strumykowa 4)
– Dom Mikołaja Kopernika (ul. Kopernika 15/17)
– Muzeum Historii Torunia w Domu Eskenów (ul. Łazienna 16)
– Kamienica Pod Gwiazdą (Rynek Staromiejski 35)
– Muzeum Podróżników im. Tony`ego Halika (ul. Franciszkańska 9/11)
– Muzeum Toruńskiego Piernika (ul. Strumykowa 4)