W jednym z krużganków prezentowana jest wystawa Ocalone. Skarby kościoła św. Katarzyny w Gdańsku, prezentująca najcenniejsze dzieła sztuki ewakuowane ze świątyni w trakcie i po pożarze z dnia 22 maja 2006 r.
W Małym Refektarzu pokazane zostały dzieła złotników gdańskich (XV-XIX w.). Szczególną uwagę zwracają naczynia liturgiczne oraz imponujące wielkością i bogatą dekoracją barokowe naczynia do wina i celebrowania uroczystych toastów.
Wielki Refektarz objęła w posiadanie wystawa ceramiki. Zainteresowanie zwiedzających budzą fajanse z Delft i wzorowane na nich fajanse gdańskie, a także duże zespoły fajansów niemieckich, szwedzkich i francuskich oraz porcelana pochodząca z królewskich wytwórni w Miśni i Berlinie, a także z Dalekiego Wschodu.
Chlubą gdańskiego muzeum jest tryptyk z Sądem Ostatecznym Hansa Memlinga (1433-1494), jednego z największych twórców niderlandzkich. Memling stworzył dzieło wybitne, o bogatej i oryginalnej ikonografii, które z wielką siłą działa na widza. Galeria malarstwa gdańskiego prezentuje dzieła malarzy związanych ze środowiskiem artystycznym miasta od XV do połowy XX wieku. Obok wczesnych obrazów o tematyce religijnej eksponowane są tutaj martwe natury, sceny rodzajowe, portrety mieszczan oraz widoki miasta. Urodą i wdziękiem zachwyca gdańska patrycjuszka z portretu Antona Möllera (ok. 1563-1611) oraz portrety małżonków Joanny Florentyny i Friedricha Muhlów namalowane przez Jacoba Wessla (1710-1780).
W galerii malarstwa niderlandzkiego odnaleźć można ulubione tematy twórców flamandzkich i holenderskich – pejzaże, mariny, martwe natury oraz sceny rodzajowe i biblijne, pędzla miedzy innymi Ferdinanda Bola, Jana Brueghela Młodszego czy Jana van Goyena.
Nie wszystkie kolekcje są stale eksponowane. Ze względów konserwatorskich i niewystarczającej powierzchni wystawienniczej w magazynach pozostają bogate zbiory rysunku i rycin, w których reprezentowane są wszystkie szkoły europejskie od końca XV, imponująca kolekcja mebli gdańskich i północnoeuropejskich, artystyczne wyroby konwisarskie i kowalskie, a także bogaty zespół tkanin i haftów.
Wystawy, galerie i zbiory Oddziału Sztuki Dawnej Muzeum Narodowego w Gdańsku tworzą wyjątkową szansę poznania artystycznego dorobku tysiącletniego Gdańska oraz sztuki i rzemiosła wielu ośrodków europejskich.