W Oddziale Etnografii można zobaczyć kilka unikatowych zbiorów o znaczeniu ponadregionalnym. Są to: kolekcja przedmiotów związanych z kulturą osadników zamieszkujących Żuławy do 1945 r., kolekcja pozaeuropejska, kolekcja przedmiotów, fotografii i archiwaliów przywiezionych przez ludność przesiedloną z dawnych kresów wschodnich II Rzeczypospolitej oraz kolekcja zabytków etnograficznych z regionów sąsiadujących z Pomorzem Gdańskim.
Do najcenniejszych spośród 10 000 obiektów zgromadzonych w Oddziale Etnografii należy kolekcja mebli ludowych oraz sztuki i rzemiosła, głównie z Pomorza Gdańskiego: Kaszub, Kociewia, Żuław, Powiśla i Borów Tucholskich. Zbiory pochodzą przeważnie z XVIII, XIX i XX stulecia, choć zdarzają się zarówno przedmioty starsze, w tym XVI-wieczne, jak i współczesne. Cześć tych zbiorów, szczególnie z zakresu rybołówstwa, rolnictwa i gospodarstwa domowego wyeksponowana jest na wystawie stałej „Kultura ludowa Pomorza Gdańskiego” prezentowanej od 1988 r. w budynku Spichlerza Opackiego.
Niewielka kolekcja pozaeuropejska zawiera zarówno interesujące obiekty etnograficzne pochodzące z dawnego muzeum w Zielonej Bramie w Gdańsku jak i pozyskiwane po 1970 r. od etnologów, marynarzy i osoby podróżujące.
W głównej siedzibie znajduje się też specjalistyczna biblioteka etnograficzna licząca ponad 4000 pozycji, archiwum fotograficzne, dokumentacyjne, jak również archiwum kresowe.
Oddział Etnografii mieści się w zabytkowym Spichlerzu Opackim na terenie Parku Oliwskiego.